《玛丽·塞利斯特的秘密》以细腻写实的画面和深入的人物心理刻画，营造出贯穿始终的紧张悬念，直到结尾才揭开真相。即使放到今天观看，这部经典影片依然充满令人难以置信的神秘感。
玛丽·塞利斯特号商船装满货物，准备从纽约港启程前往意大利。船长本杰明希望妻子萨拉与自己同行，并向她描绘海上的美景：绚丽的红色黎明、成群的白帆以及宁静迷人的夜晚。在本杰明的劝说下，萨拉逐渐消除了对远航的恐惧。
另一艘商船的船长吉姆同样深爱着萨拉。他曾是本杰明的好友，却因为两人同时爱上萨拉而反目成仇。临近启航时，本杰明因船员不足向吉姆求助。吉姆表面答应帮忙，暗地里却派人登上“玛丽”号，企图让本杰明无法抵达目的地。船员安顿与“玛丽”号副船长威尔逊素有过节，他也随船出海。
航行途中，海上突然掀起风暴，商船在暴风雨中剧烈摇摆，一名船员葬身海底。安顿告诉萨拉，危险从船只启航的那一刻起便已潜伏其中，死亡似乎早就注定。随后，船上接连发生命案，恐惧笼罩了整艘“玛丽”号。本杰明和萨拉相继失踪，船上只剩威尔逊与安顿活着。
最终，真相浮出水面：这一切都是安顿为报复威尔逊而策划的。安顿开枪杀死威尔逊后，精神失常地跳入大海。后来，吉姆的商船发现了在海上漂流的“玛丽”号，但船上已经空无一人。
