《云上的孩子》讲述了15岁少年陆飞羽的故事。他生活在中国南方一座小城，因为脑垂体功能异常，外表与普通孩子有所不同。陆飞羽10岁时，父亲陆建安离开了他和母亲姜桂琴。临走前，陆建安送给儿子一张面值一百元的假币，原本是想让陆飞羽忘记自己这个不负责任的父亲，没想到这张假币却被陆飞羽视若珍宝。此后，陆飞羽与常年在菜市场摆摊卖猪肉的母亲相依为命，姜桂琴也将全部的爱倾注在儿子身上。
母亲突然病倒后，陆飞羽原本平静的生活被彻底打乱。与此同时，父亲陆建安重组的家庭破裂，并在之后遭遇车祸，落下残疾。面对各自陷入困境的家人，陆飞羽逐渐成为两个家庭之间的纽带。最终，他将落魄无助的父亲和同父异母的妹妹接回到自己与母亲身边。
