《扑通扑通的水球少年》讲述了即将毕业的周致远在妹妹的水球教练凌颢儿鼓舞下重拾斗志，决定招募队员、重新组建水球队。为此，他召集了原水球队的“老油条”三人组、被篮球队拒之门外的陈玉亭和江嘉，以及曾经的省级水球队天才白浪。这个临时拼凑起来的队伍，不仅要与外界争夺训练场地，内部也时常面临队员因挫折而萌生放弃、随时可能解散的危机。
在一次次啼笑皆非的冲突中，队员们逐渐并肩前行，努力让水球队继续存在。为了挽救球队，白浪历经波折，请来了自己暗恋已久的前师姐凌颢儿担任教练。随着训练深入，凌颢儿也渐渐对白浪产生了爱慕之情，两人之间泛起了浪漫的情愫。然而就在这时，白浪昔日的劲敌刘锋向水球队下达了挑战书，一场新的较量即将展开。
