《抹大拉屋的马利亚》讲述了及川紫纹的故事。心中充满悔恨、对生活也已彻底放弃的他，为寻找人生的终点四处漂泊，最终来到名为“尽果”的断崖之地，并走进那里唯一的“玛古达拉屋”小餐馆。店主玛丽亚端上一份热气腾腾的套餐，美味得让紫纹不知不觉又添了第二碗饭。就这样，他暂时留在餐馆帮忙。
在这里，紫纹先后遇见了玛丽亚、女掌柜怜子、渔夫克夫，以及同样在寻找死亡之地的青年丸弧。与这些人相处的过程中，他逐渐找回了继续活下去的勇气。然而某一天，玛丽亚却突然从“尽果”消失了。原来，这位始终面带笑容、从容经营着餐馆的女子，背后竟隐藏着一个惊人的秘密。
