《跳跃大搜查线2》的故事发生在五年之后。曾经遍地空地的台场，如今已高楼林立、景点云集，发展成每年吸引四千万名游客的热门观光胜地。随着游客数量不断增加，湾岸署每天都忙于处理观光咨询、儿童走失和交通疏导等事务。就在此时，辖区内发生了一起变态杀人案。青岛等湾岸署警员久违地遇上重大案件，个个重新燃起斗志；警视厅的室井等人也赶到湾岸署，在女性管理官冲田的指挥下成立搜查本部，全面展开调查。然而，暴力案件等数起事件又接连发生，事态迅速恶化。凶恶犯罪分子的魔掌，正悄然逼近青岛等人。台场临海副都心最糟糕、最凶险的三天，就此拉开序幕。
