《约翰·福尔克：代号丽莎》的故事发生在瑞典。弗兰克（乔尔·金纳曼 Joel Kinnaman 饰）居住的公寓遭遇入室抢劫，他在自卫过程中杀死了歹徒。由于自身身份特殊，弗兰克很快被推上舆论的风口浪尖，只能带着家人向特警约翰（雅克布·伊库伦德 Jacob Eklund 饰）求助。
与此同时，黑帮老大怀疑弗兰克是警方安插的卧底，于是找来曾与弗兰克合作过的商人赛斯（延斯·赫尔腾 Jens Hultén 饰），逼迫他交代弗兰克的下落，企图将弗兰克置于死地。另一方面，当局也对弗兰克施加压力，要求他接受一份不合理的协议，否则便要将他列为国际通缉犯。
