自杀俱乐部2001将故事置于夜幕笼罩的东京新宿站。忙碌了一天的人们依旧匆匆赶路，站台上却出现了一群笑容灿烂的青春期女孩。她们穿着款式各异的校服，仿佛事先约定好一般同时现身，并在月台前排成一列，手牵着手跃向疾驰而来的列车。刹那间血花飞溅，54条鲜活的生命就此消失。
这起震惊全国的惨案发生后，类似的集体自杀事件接连出现，事态不断升级，负责调查的警官黑田敏春（石橋凌 饰）及其家人也因此受到牵连。黑田的搭档涉泽健次（永瀬正敏 饰）持续追查，逐渐发现一连串自杀案件似乎都与一个名为自杀俱乐部的网站存在联系。隐藏在连续惨剧背后的真相究竟是什么？这场不断蔓延的死亡风暴最终能否被阻止？
