《星际旅行：深空九号第七季》的故事设定，最早萌发于1991年，时间距离吉恩·罗登伯里逝世已不久。全剧围绕太空站深空九号展开。这座空间站原本是卡达西人的采矿站“Terok Nor”，后来由星际联邦与贝久政府共同管理；当时，贝久星刚刚摆脱卡达西人的殖民统治。按照伯曼的介绍，他与皮勒最初曾考虑把故事放在一颗殖民地行星上，但最终认为太空站更能吸引观众，也能减少外景和星球表面拍摄的成本。同时，他们不希望新剧继续以星舰为主要场景，因为《星际旅行：下一代》当时仍在播出。在他们看来，如果两部电视剧同时讲述两组角色探索前人未曾涉足的领域，难免显得重复而荒诞。
在首集中，深空九号便从贝久星轨道转移到附近新发现的贝久虫洞旁。这个虫洞通往遥远而未知的第三象限，使深空九号很快成为星际贸易与探索的重要中心，并因其巨大的战略价值，最终沦为战争前线。
与其他《星际旅行》系列作品相比，《深空九号》最突出的特点之一，是剧情具有更强的连续性。此前的《星际旅行》电视剧通常会在每集结束时尽量淡化或消除本集事件的影响，让后续剧集能够相对独立地制作和播出；而《深空九号》往往承接上一集的情节，有时一个故事甚至会延续多集，彼此环环相扣。到了全剧后期，这种连续剧式的叙事方式更加明显，不仅增强了整体剧情的表现力，也让人物与故事获得了更充分的发展空间。
此外，主要角色之间的人性冲突也成为《深空九号》的重要组成部分。道德与纪律、自我选择与集体责任之间的矛盾，在罗登伯里监制的《星际旅行：初代》和《星际旅行：下一代》中通常被有意回避，但在《深空九号》中却被直接置于剧情核心。提出这一方向的，正是《下一代》的编剧们，其中大多数后来也参与了《深空九号》的创作。他们认为，过于理想化的设定会限制精彩故事的诞生。正如皮勒所说，来自不同地域的人们，即使都正直而高尚，也难免会产生冲突。
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