名侦探柯南讲述了高中生侦探工藤新一的故事。工藤新一在追查黑衣人犯罪团伙时身份暴露，被团伙成员击晕，并被强行灌下神秘药物，身体竟因此变回了小孩。为了寻找解药，同时避免遭到犯罪团伙报复，新一找到一直帮助自己的阿笠博士。博士不仅为他隐瞒身份，还量身打造了各种间谍武器，协助他继续暗中调查。
一天，新一的女友毛利兰来到阿笠博士家寻找他的下落，意外撞见了变小后的新一。情急之下，新一谎称自己叫江户川柯南，之后寄居到小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南便借此机会与他一同办理案件，并继续追查黑衣人犯罪团伙的踪迹。进入小学后，柯南结识了步美等同学，几人共同组建少年侦探团，踏上了与罪犯斗智斗勇的道路。
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