《史前超人》讲述了这样一个故事：公元一万五千年前，拥有高度文明的亚特兰蒂斯大陆遭遇大海啸，整个大陆沉入海底。此后，地球上新的生命与文明逐渐诞生。
明朝末年，郑成功的副将唐文澜在海上发现了装有亚特兰蒂斯王子的命运女神之匣，并将其中的婴儿收为义子，取名唐律。由于继承了亚特兰蒂斯人的神之血脉，唐律自出生起便拥有超能力，外貌也始终停留在26岁。
为了追查圣石的下落，唐律从欧洲回到2018年的中国，并结识了身世神秘、生活落魄的女记者朱安安。一次意外中，朱安安触发了能够引动圣石的媒介，获得了普通人不具备的异能。两人由此展开了一段充满意外与笑料的经历。
与此同时，国外某神秘机构的生化科学家月见璃博士也在暗中寻找与亚特兰蒂斯有关的一切。这个拥有黑暗力量的小矮人对圣石势在必得，不惜采取各种手段。随着双方不断交锋，一场正邪之间的大战即将爆发。
