《玻璃先生》中，大卫·杜恩（布鲁斯·威利斯饰）因拥有超能力，已成为惩恶扬善的义警。在儿子约瑟夫的协助下，他一路追捕凯文·温德尔·克鲁伯（詹姆斯·麦卡沃伊饰）。凯文体内共存着24种人格，其中因“进化”而诞生的“野兽”拥有最强悍的战斗力。大卫成功救出被凯文绑架的女大学生后，却和约瑟夫一同落入斯泰普医生的掌控之中。
与此同时，被关进斯泰普医生研究所的还有以利亚（塞缪尔·杰克逊饰），人称“玻璃先生”。他曾是犯罪团伙的幕后主脑，却因身体极度脆弱，轻轻一拍都可能导致骨折。得知大卫拥有超能力后，以利亚坚信超级英雄漫画中的故事并非虚构。为了证明超级英雄真实存在，他不惜采取极端手段，暗中筹谋布局。
在研究所里，斯泰普医生试图对这三个男人进行洗脑，声称他们所谓的特殊能力不过是妄想，完全可以用科学与巧合加以解释。然而，在医生的母亲以及曾遭凯文绑架的受害者帮助下，约瑟夫逐渐发现，斯泰普医生的真实身份远没有表面上那么简单。
