《女头人》的故事发生在奔腾激越、云雾缭绕的怒江大峡谷。一个月黑风高的夜晚，土匪头子山豹爷率人洗劫了傈僳族世代居住的傈僳山寨。混乱厮杀中，傈僳族头人墨觉长老惨死在山豹爷的枪下，象征头人权力的米斯牛头印章也随之失踪。所幸，墨觉长老刚出生的女儿娜斯雨逃过一劫。
十八年后，娜斯雨在临时长老夏帕普的抚养下长成美丽的大姑娘。按照长老会当年的约定，待娜斯雨年满十八岁，夏帕普便应将傈僳族头人的位置交还给她。然而祭神日一天天临近，米斯牛头印章却依旧杳无音信，这让夏帕普焦虑不已。
此时，一名叫李峡谷的年轻马帮仔来到傈僳山寨。他是马帮人李南雄的儿子，而李南雄曾在十八年前与墨觉长老喝过同心酒。李峡谷此次前来，是为了完成父亲临终前的嘱托，送还一个被保存了十八年的盒子。自从李峡谷到来，娜斯雨便对这个行侠仗义的年轻人产生了好感；而他神秘的身份，也在傈僳族人中掀起了不小的波澜。
