《神奇动物学校》讲述了艾达的故事。由于母亲工作的原因，她搬到了另一座城镇，转学来到温特斯坦学校，成了班里的“新女孩”。面对陌生的环境，艾达始终难以融入集体，交不到朋友的她只能坐在害羞内向的本尼身边。
一天，老师向孩子们介绍了莫蒂默·莫里森。他是一位周游世界、专门寻找“神奇动物”的人，而每一种神奇动物最终都会成为孩子们命中注定的灵魂伙伴。艾达和本尼是班上最早拥有魔法伙伴的学生：本尼得到了一只古老而睿智的海龟，艾达则迎来了一只狡猾机敏的狐狸。
就在这时，学校里的物品接连失踪，大家怀疑校园中出现了一个“超级小偷”。为了帮助朋友洗清嫌疑，孩子们和各自的神奇动物伙伴携手展开调查，最终揭开了超级小偷之谜。
